Könnun sem gerð var af Barnaverndarstofu um algengi kynferðisbrota leiddi í ljós að Barnaverndarnefndir fengu 110-130 tilkynningar á ári vegna gruns um kynferðisbrots á árunum 1991-1996. Nokkuð ljóst var að úrbóta var þörf í þessum málaflokki. Þess voru dæmi að börn þurftu margendurtekið að segja sögu sína vegna barnaverndarkönnunar, lögreglurannsókna, læknisskoðunar og sálfræðimeðferða sem fóru fram á ólíkum stöðum. Þetta hafi í för með sér mikið álag fyrir barnið. Barnaverndarstofu var falið að finna leiðir til úrbóta og var Barnahús stofnað 1998 eftir Bandarískri fyrirmynd.
Starfsemi Barnahúsi hófst svo í nóvember 1998. Í upphafi var ákveðið að Barnahús yrði 2ja ára tilraunaverkefni en að lokum þessum 2 árum var reynslutími Barnahúss framlengdur um eitt ár í viðbót.
1. maí árið 1999 tóku gildi ný ákvæði laga um meðferð opinberra mál nr. 19/1991, sbr. Lög nr. 36/1999, sem meðal annars kveða á um breytingar á skýrslutöku barna sem grunur leikur á að hafi sætt kynferðisofbeldi. Samkvæmt þessum breytingum er skýrslutakan nú í höndum dómara en ekki lögreglu eins og áður var.
Á mbl.is var ítarleg umfjöllun um kynferðisofbeldi gegn börnum í apríl og maí á þessu ári. Þar kom fram að, að jafnaði er tíu börnum vísað til Barnahúss í hverjum mánuði.
Hugmyndafræði Barnahús er í aðalatriðum tvíþætt: Fyrsta er að koma í veg fyrir endurtekið áfall hjá barninu með síendurtekinni frásögn um atburðinn. Annað er að upplýsa málið eins og unnt er.
Meginmarkmið með starfssemi Barnahúss:
Dómari sér um skýrslutöku sem yfirleitt fer fram í barnahúsi þar sem einnig eru viðstaddir fulltrúi ákæruvalds, verjandi sakbornings (og ef til vill sakborningur sjálfur), réttargæslumaður meints brotaþola, starfsmaður barnaverndarnefndar og rannsóknarlögreglumaður/menn. Sérfræðingar Barnahúss veita börnum sem þangað er vísað allt að 14 meðferðaviðtöl. Í fyrsta viðtali er þörf barnsins metin fyrir meðferð og kannað hvort að barnið hafið hegðunartruflanir eða önnur einkenni sem þarfnast meðferðar. Samtals hefur málum 457 barna verið vísað til Barnahúss frá því að starfssemi hófst 1998. Fjölmargir dómar hafa fallið í málum sem Barnahús hefur komið að, bæði í undirrétti og Hæstarétti.
Starfsmenn Barnahúss eru: Vigdís Erlendsdóttir hjúkrunar- og sálfræðingur er forstöðumaður Barnahúss. Auk hennar starfa Ragna Björg Guðbrandsdóttir MSW, Ólöf Ásta Farestveit uppeldis- og afbrotafræðingur og Þorbjörg Sveinsdóttir BA-sálfræði, ritari.
Stúlkur eru í miklum meirihluta þeirra barna sem koma í Barnahús og voru þær 73% árið 2000. (Ársskýrsla Barnaverndarstofu 2000)